1．臨診癥狀
禽流感的潛伏期長短依賴于病毒的劑量、毒力、感染途徑以及被感染禽類的種別等，一般幾小時到幾天不等。禽流感的臨床癥狀比較復雜，不同日齡和不同品種的禽類受不同毒株感染后表現各異，同時還與并發感染、獲得性免疫和環境因素等有關，所以異常多變，一般可分為zui急性型和急性型。
禽流感按病原體的類型可分為高致病性、低致病性和隱性感染三大類。高致病性禽流感zui為嚴重，發病率和死亡率高，感染的雞群突然死亡，常常導致全軍覆沒，無明顯癥狀。低致病性禽流感病雞體溫急劇上升，精神沉郁，拒食，很快陷于昏睡狀態；眼瞼、頭部浮腫，肉冠和肉垂出血、發紺，邊緣有紫色壞死斑點，腿和跖部鱗片下可見紫黑色出血斑；拉黃白色糞便。有的出現神經癥狀，病雞多呈急性死亡。有的出現呼吸道癥狀，咳嗽、打噴嚏、流淚、副鼻竇腫大。病禽羽毛蓬松，產蛋率下降。一般發病率和死亡率很高。隱性禽流感不會引起明顯癥狀，僅使染病的禽體內產生病毒抗體。

2．病理變化
病理變化因宿主種類、病毒致病性等情況不同而有很大差異。
（1）低致病性禽流感（MPAl） 病理變化主要在呼吸道，尤其是竇的損害，以卡他、纖維性、膿性或纖維膿性炎癥為特征。氣管黏膜水腫、充血并間有出血。氣管滲出從漿液性到干酪性不等，有時可造成阻塞，導致呼吸困難。眶下竇腫脹，有漿液性滲出物到漿液膿性滲出物。如存在細菌繼發感染則可導致纖維膿性支氣管肺炎，腹腔有卡他性炎癥到纖維素性炎癥，并可看到卵黃性腹膜炎。盲腸和小腸可見卡他性炎癥到纖維素性炎癥，產異形蛋和淡色蛋。有些雞腎臟腫脹，伴有尿酸鹽沉積。胰腺帶白斑。鴨MPAI也可發生竇炎、結膜炎和其他呼吸道損害。顯微變化主要為肺炎，常見異嗜細胞性到淋巴細胞性氣管炎和支氣管炎。死于MPAI的雞，淋巴細胞減少，法氏囊、胸腺、脾臟和其他區域中淋巴細胞壞死或凋亡。
（2）高致病性禽流感（HPAl） 家禽的HPAl在內臟器官和皮膚有各種水腫、出血和壞死，但zui急性型可能無大體病理變化。病雞因皮下水腫常導致頭部、顏面、上頸和腳部腫脹，并可以伴有點狀到斑塊狀出血。無羽毛處皮膚，尤其是肉冠和肉髯常可看到壞死、出血和發紺。內臟器官的病理變化隨毒株而異，但zui恒定的是漿膜或黏膜面出血和實質的壞死灶。出血在心外膜、胸肌、腺胃和肌胃的黏膜尤其突出。由H5N1亞型病毒引起的HPAI，小腸集合淋巴濾泡的壞死和出血也很常見。壞死灶在胰腺、脾臟和心臟常見，在肝和腎偶爾也可看到。肺充血或出血，有局灶性到彌漫性肺炎并伴有水腫，法氏囊和胸腺通常萎縮。
組織病理學變化基本上由多個器官壞死和／或炎癥構成。受害zui嚴重的組織是腦、心、肺、脾、胰和初級和次級淋巴器官。腦組織常見的變化是淋巴細胞性腦膜腦炎，伴有灶性膠質細胞增多。神經元壞死和噬神經細胞現象，但也有水腫和出血。心肌細胞從灶性變性到多灶性--彌漫性凝固性壞死．常伴有淋巴組織細胞炎癥。法氏囊、胸腺和脾臟常見淋巴細胞壞死、凋亡和減少。骨骼肌纖維、腎小管上皮細胞、血管內皮細胞、腎上腺皮質細胞和胰臟腺泡細胞有壞死。