淡水養殖的水源應該符合《無公害食品-畜禽飲用水水質》（NY5027-2008）中規定的水源質量標準，水源周圍100m范圍內不存在污染源（工業污染源，農業污染源和生活污染源等），其中對水源的物理指標和化學指標比較關注，物理指標包括水溫和透明度，化學指標包括溶解氧、pH、氨氮、亞硝酸鹽、硫化氫、總硬度和可溶性固體總量。
水溫是水產養殖中非常重要的一個物理指標，能夠直接影響魚的生存和生長，不同魚類要求不同的水溫，18-35℃為正常溫度，25-32℃為宜生長溫度，在整個養殖周期里面，可以用溫度計進行溫度測量，或在智能物聯網水質檢測系統中帶有水溫監測記錄的功能。
透明度主要是由水體中的懸浮物（包括浮游藻類、懸浮的泥沙顆粒、溶解的有機質、無機鹽等）決定的。其中浮游藻類的密度是影響水體透明度因素。因此，池水透明度的大小，可以反映水體的肥瘦程度，透明度=30cm左右為中等肥度的水，透明度＜20cm為肥水，透明度＞40cm為瘦水。在整個養殖周期里面，可以用塞氏盤進行透明度測量，或用透明度傳感器進行實時監測。


溶解氧是水中魚蝦貝類賴以生存的基礎，能夠衡量水體的自凈能力，也是衡量養殖水體是否適合水生動物生長的重要指標。水中充足的溶氧可抑制生成有毒物質，降低有毒物質的含量，一般情況下魚類適宜的溶氧量為5mg/L，蝦類適宜的溶氧量為3mg/L。溶解氧偏低會影響魚類的攝食，出現浮頭甚至泛塘，直到大量死亡。可以使用在線溶解氧傳感器進行實時監測，或者使用手持溶解氧傳感器進行定點測量。


水體的pH值是反映藻類的組成和活性、水質因子穩定性和池底有機污染的重要依據，是水質的重要指標之一。pH值影響到水體的碳源和微量元素的活性、水生動物的生理機能以及微生態的生物組成結構。絕大多數水產養殖品種在中性或者弱堿性的水環境下比較適合生存，水的正常pH值在6.5-8.5之間，pH＜6.5時肥效不能正常發揮優勢，氨氮、硫化氫等毒性增大，易缺氧浮頭；pH＞8.5會引起水中溶解鹽類的析出，甚至直接腐蝕鰓組織造成養殖動物呼吸障礙而室息。pH變化太頻繁、變幅過大對養殖不利，可以使用數字pH傳感器進行實時監測，也可以使用便攜式pH計進行定點測量。


氨氮是指水中以游離氨( NH?)和銨離子( NH4+)總稱。氨氮是水體的營養元素，其來源主要由含氮有機物的分解及水生生物和殘餌、糞便、生物殘骸腐爛分解產生的，養殖水體正常水質氨氮＜0.02mg/L。氨氮過高可導致水體富營養化，氨氮＞0.5mg/L會使魚蝦等水產動物中毒，使其體表粘液增多，出血，食欲減退，抑制其生長，嚴重時會導致其死亡。可以使用在線氨氮傳感器進行實時監測，也可以使用實驗室氨氮檢測裝置進行定點測量。


亞硝酸鹽是自然界中普遍存在的一類含氮無機化合物，是氨轉化為硝酸鹽過程中的中間產物，不穩定，當氧氣充足時，可以在微生物作用下轉化為對魚毒性較低的硝酸鹽，但也可以在缺氧時轉化為毒性較強的氨態氮。養殖池塘亞硝酸鹽濃度應控制在0.05mg/L以下，養殖水體亞硝酸鹽含量過高會使魚蝦中毒，其原理是因為亞硝酸鹽會將魚蝦血液中的亞鐵血紅蛋白氧化成高鐵血紅蛋白，從而抑制血液的載氧能力，導致魚蝦某些新陳代謝功能失常，體力衰退，嚴重時可能大面積暴發疾病死亡。可以使用在線硝氮傳感器進行實時監測。
水體中的硫化氫主要是由于魚塘底層缺氧，底泥有機物經生物作用和化學作用產生，對魚類有很強的毒性。硫化氫是否超標，簡單的判斷標準在于養殖水體下風處是否有臭雞蛋味。養殖水體要求硫化氫＜0.1mg/L，硫化氫毒性較強，具有強烈刺激性，對水產動物鰓組織有腐蝕和麻痹作用，硫化氫＞0.5mg/L會影響水產動物呼吸作用。
水的硬度是指溶于水中的鈣、鎂鹽類的總含量，一般以相當于CaCO3的量(mg/L)表示。一般認為在淡水常規魚類的養殖中，水體的硬度不小于50-150mg/L，淡水養蝦水體適宜的硬度為250mg/L以上。硬度過高會出現腹瀉和消化不良等胃腸道功能紊亂癥狀。可以使用在線硬度傳感器進行實時監測。
水中總可溶性固體物(TDS)的量主要取決于溶解在水中的礦物質鹽類的數量，當其質量濃度高于1200mg/L時，可產生苦咸味。可以使用在線TDS傳感器進行實時監測。