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正值抗疫關鍵節點，能否切斷糞口傳播，很大程度上取決于如何對醫療污水和城鎮污水進行安全處置。
為及時應對疫情發展，生態環境部早在2月初相繼印發《關于做好新型冠狀病毒感染的肺炎疫情醫療污水和城鎮污水監管工作的通知》《新型冠狀病毒污染的醫療污水應急處理技術方案(試行)》《應對新型冠狀病毒感染肺炎疫情應急監測方案》，進一步規范醫療污水應急處理、殺菌消毒要求，防止新型冠狀病毒通過糞便和污水擴散傳播。
作為水處理過程中殺滅病原微生物、降低水傳播疾病傳播風險的重要保障，上述政策均強化了城鎮污水處理消毒管理。具體來看，明確對城鎮污水處理廠，要督促其加強消毒工作，確保出水糞大腸菌群數指標達到相關排放標準要求。在飲用水水源地常規監測的基礎上，增加余氯和生物毒性等疫情防控特征指標的監測。因地制宜建設臨時性污水處理罐(箱)，采取加氯、過氧乙酸等措施進行殺菌消毒。
在出水環節，出于確保病菌指標達標的考慮，保持一定余氯含量也成為了短期內的行業共識。按照《醫療機構水污染物排放標準》(GB 18466-2005)，傳染病醫療機構污水排放標準的衛生學指標是糞大腸菌群數小于100MPN/L，腸道致病菌、腸道病毒均不得檢出。迄今，盡管多地對兩項指標排放標準不盡相同，但大部分區域明確余氯不低于0.5mg/L，糞大腸菌群數不高于1000個/L。
目前常用的消毒方式有氯化、臭氧化和紫外三類。這其中，對于產生的污水有效的消毒方法是投加消毒劑。除部分大型醫療機構采用臭氧和二氧化氯消毒，絕大部分定點醫療機構、新建成投用的醫院、臨時集中隔離場所都采用次氯酸鹽。而在疫情嚴重地域，條件允許時，執行一級B標準的污水處理廠，可考慮適當提高消毒劑量，盡量達到一級A標準限值的消毒程度。此外，按照目前的投加情況，噸水處理成本約上升0.08元左右。
雖然含氯消毒劑用得越多，消毒殺菌效果越好，但并非越多越好。但更為值得關注的是，為避免過度消毒造成對水環境生態的不利影響，非極特殊情況，不必要過量投加消毒藥劑。自來水和市鎮生活污水的傳統消毒工藝就是用含氯制劑來消毒，即使是過量使用消毒劑，對地表水的影響不大，但對土壤和植被影響相對較大。同時由于絕大部分污水處理廠采用生物處理工藝，污水中如存在過量余氯，將可能降低或抑制活性污泥的活性，影響生物處理單元的正常運行。
中國人民大學環境學院副院長王洪臣認為， “城鎮污水處理廠在疫情期間應確保穩定運行，一般不需要采取其他強化處理措施，穩定運行就是重要的防控。” 換言之，污水處理單位在消毒劑尤其是含氯消毒劑的使用上，既要足量投放，也要控好上限。少數小型城鎮污水處理廠建設標準較低，還沒有設置深度處理設施，可視情適當增加投藥量，增強消毒效果，但要關注消毒藥劑對受納水體水生生物的影響。
同時還應關注疫情防控期間因大量使用強氧化性消毒劑加劇進水碳源不足的問題，加強出水TN、TP指標的監控，必要時投加外部碳源或相應提高藥劑投加量，保障生物處理系統的脫氮除磷能力。特別是對消毒工藝設備的巡檢檢查，確保病原微生物指標滿足國標標準，保障出水水質安全。
